Військовий суд регіону (Військово-Морських Сил) є апеляційним судом, який:
- у межах своїх повноважень розглядає справи як суд першої інстанції, у порядку апеляційного оскарження та в зв'язку з ново-виявленими обставинами;
- здійснюючи нагляд за організацією судової діяльності військових судів гарнізонів, вивчає й узагальнює судову практику, аналізує судову статистику;
- здійснює інші повноваження, надані йому законом.
У передбачених законом випадках кримінальні справи розглядаються за участю народних засідателів.
Народних засідателів обирають відкритим голосуванням на зборах військовослужбовців військових частин строком на п'ять років з числа громадян України, які перебувають на військовій службі й досягай двадцятип'ятирічного віку. Під час здійснення правосуддя народні засідателі військових судів користуються всіма правами судді.
Кількість народних засідателів у кожному військовому суді визначає голова військового суду регіону (Військово-Морських Сил) за погодженням з відповідним військовим командуванням.
Як суд першої інстанції військовий суд регіону (Військово-Морських Сил) розглядає: 1) справи про злочини осіб, які мають військове звання полковника (капітана першого рангу); 2) справи про злочини осіб, які мають посаду від командира полку (командира корабля першого рангу) й вище, а також осіб, рівних їм за службовим становищем; 3) справи про всі злочини, за які в умовах мирного часу законом передбачено можливість призначення покарання у вигляді довічного ув'язнення (ст. 36 КПК).
Підсудність цивільних справ визначає ст. 123 ЩІК України 1963 р. Наприклад, військовим судам регіонів і Військово-Морських Сил як судам першої інстанції підсудні справи за скаргами на незаконні дії і рішення військових службових осіб і органів військового управління на рівні військових об'єднань і вище. Підсудність цивільних справ військовим судам ЦПК 2004 р. не передбачена.
Голова військового суду регіону (Військово-Морських Сил) відповідно до ст. 28 Закону України "Про судоустрій України":
- здійснює організаційне керівництво діяльністю суду;
- розподіляє обов'язки між заступниками голови суду;
- на підставі акта про обрання (призначення) суддею чи припинення повноважень судді видає відповідний наказ;
- організовує ведення та аналіз судової статистики, вивчення й узагальнення судової практики, має право витребувати з відповідного суду справи, судові рішення в яких набрали законної сили;
- приймає на роботу та звільняє працівників апарату суду, застосовує щодо них заохочення й накладає дисциплінарні стягнення;
- організовує підвищення кваліфікації суддів і працівників апарату відповідного суду;
- подає в установленому порядку пропозиції щодо фінансування витрат на утримання суду та організаційного забезпечення його діяльності;
- представляє суд у відносинах з іншими органами державної влади, органами місцевого самоврядування, громадянами та організаціями;
- здійснює інші передбачені законом повноваження;
- видає накази з питань організації роботи суду.